총수입금에서 필요경비를 차감하여 사업소득금액을 계산하고 사업소득 외에 부동산 임대소득과 같은 종합과세 대상인 다른 소득금액을 합산하면 종합소득금액이 산출된다.
종합소득금액에서 종합소득공제를 해 과세표준을 산출하고, 과세표준에 세율을 곱하여 산출세액을 정하며, 산출세액에서 세액공제 및 감면세액을 차감하여 결정세액을 계산한다. 계산된 결정세액에서 기납부세액을 차감하고 가산세를 더하여 총결정세액을 확정한다.
병의원의 사업소득 계산의 기초가 되는 총수입금액은 병의원의 경영과 관련해 발생한 수입액을 말한다. 병의원 사업자 통장에서 발생하는 이자소득은 원천징수로 분리과세되고 다만 4천만원을 초과하는 경우 이자소득을 사업소득금액과 합산하여 종합과세한다. 따라서 이자소득이 4천만원 이하라면 특별히 세무와 관련하여 신경 쓸 일이 없다.
병의원의 총수입금액은 보험수입과 비보험수입 및 의료부대수입으로 나누어지는데 보험수입은 다시 환자 본인부담 부분과 보험자부담 부분으로 나누어진다. 본인부담 부분을 비보험수입으로 알고 계신분도 있지만 보험수입이다. 보험수입은 내역이 세무관서에 자동 통보되어 세원이 모두 드러나는 특징이 있다.
여기서 한 가지 주의해야 할 것은 보험수입이 들어온 것으로 계산하는 기준시점이 진료비를 수령한 시점이 아니라 '진료를 완료한 시기'라는 사실이다. 예를 들어 12월에 진료를 마치고 다음해 1월에 진료비가 입금된 경우 그 진료수입은 전년도 수입이다.
비보험수입은 해당 진료가 보험대상이 되지 않아 진료비 전액을 환자에게 청구해 받는 수입을 말하는데 편의상 현금매출·카드매출·현금영수증매출로 나눌 수 있다. 카드와 현금영수증 가맹은 의무적으로 하여야 할 뿐만 아니라 현금매출도 연말정산 간소화절차에 의해 파악하므로 모든 세원을 세무당국이 포착해가는 추세이다.
다음은 세무처리가 문제될 수 있는 수입항목을 살펴보겠다. 먼저 시설 장비 처분이익은 사업소득에 해당하지 않으므로 총수입금에 포함되지 않을 뿐만 아니라 소득세 과세대상도 아니다.
병의원에서 의료기기나 비품 등 시설 장비를 사용하다가 양도하는 경우에 그 양도 대가로 받은 금액이 감가상각 후의 장부가액을 초과해 처분이익이 발생하는 경우에도 이에 대한 과세근거는 없다.
그러나 의료기기나 비품 등의 자산이 화재나 재해로 손실되어 보험회사로부터 받은 보험금이 당해 자산의 장부가액을 초과하는 경우 그 초과금액은 총수입금에 포함됨을 주의하여야 한다.
제약회사로부터 판매장려금 등의 명목으로 받는 금전은 지급한 제약회사에서는 경비처리를 하였을 것이므로 총수입금액에 반드시 포함시켜야한다. 누군가로부터 의료기기를 무상으로 기증받았다면 증여세를 부담할 것이 아니라 사업소득으로 계산하여 총수입금액에 포함시켜야 한다.
사업과 관련한 부채를 무상으로 탕감받은 경우도 마찬가지다. 환자 부담 진료비를 감면해 줬다면 감면액을 총수입금액에서 제외해야 한다.
실제로 받지도 않은 진료비가 수입금액으로 잡혀 손해를 보기 때문이다. 병의원이 있는 지역이 재개발 되거나 임대계약이 중도 해지되는 등의 이유로 영업손실보상금과 휴업보상금 및 시설이전보상금을 지급받을 경우 이를 총수입에 포함시켜야 한다.
다만 이전이 불가능한 인테리어와 같은 자산에 대한 대체취득보상금은 고정자산의 양도차손익으로 봐, 총수입금액에 산입할 수도 없고 비용처리도 할 수 없다.
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