국세청, 3개 학교법인에 130억원 부가가치세 추징
병협, 국세청 기재부에 "임상시험 부가가치세 면제" 건의
국세청이 임상시험 용역에 대해 부가세를 추징하고 나선데 대해 병원계가 철회를 요구하고 나섰다.
대한병원협회는 7일 "학술연구용역과 기술개발을 면세대상으로 규정한 부가가치세법에 따라 임상시험 용역은 면세 대상"이라며 "국세청과 기획재정부에 임상시험 용역에 추징한 부가가치세를 철회해 달라고 건의했다"고 밝혔다.
국세청은 2013년 하반기에 일부 대학병원에 대해 세무조사를 실시, 가톨릭대·을지대·한림대 등 3개 학교법인을 대상으로 5년치(2008∼2012년) 임상시험에 약 130억원의 부가세를 추징했다.
적지 않은 부가가치세를 추징당해야 하는 병원계는 반발하고 있다.
'부가가치세법 기본통칙 12-35-4'에는 '신제품을 개발하거나 제품의 성능이나 질·용도 등을 개선시키는 연구용역은 면세 대상에 해당된다'고 규정하고 있다. 이같은 규정은 세법상 명확한 해석기준을 제시함으로써 세무공무원의 재량권을 규제하고, 사업자와의 불필요한 마찰요인을 없애기 위한 것으로 의료기관들은 이 규정에 따라 임상시험 용역을 부가세 면세 대상으로 인식해 왔다.
병원계는 "부가가치세법에는 신제품을 개발하거나 제품의 성능이나 질·용도 등을 개선시키는 연구용역은 면세 대상에 해당된다고 규정하고 있다"며 "이를 근거로 임상시험 용역을 부가세 면세 대상으로 인식해 왔다"고 주장했다.
다만 시판 후 임상시험 용역, 즉 4상 임상시험(PMS)에 대해서는 일부 과세신고를 하고 세금을 납부해 왔다는 것.
국세청이 그동안 면세 대상으로 인식됐던 임상시험 연구비용에 부가세를 추징하고 나서자 병원계는 비상이 걸렸다.
병협 "그동안 국내·외 임상시험 용역 계약에 있어 거래당사자(위탁 및 수탁)들은 면세적용으로 부가가치세를 제외한 채 체결했다"며 "이번 국세청 과세 추징에 따라 해당 수탁기관은 부가가치세를 대납하고 위탁기관으로부터 받아내야 하는 상황"이라고 설명했다.
하지만 이미 계약이 종료된 위탁(수탁) 기관으로부터 부가가치세액을 받아내기가 어려운 실정이다.
더욱이 임상시험의 약 50%가 다국가간 계약이어서 추가 비용문제를 제기할 경우 분쟁의 소지가 있고, 국가 신인도에도 악영향을 미칠 수 있다는 것이 병원계의 입장이다.
현재 임상시험 실시기관은 164곳에 달한다.
병원계는 국세청이 임상시험 용역에 부가가치세를 과세할 경우 임상시험의 국제 경쟁력이 하락할 것으로 전망했다.
2004년 136건이던 임상시험 건수는 매년 증가 추세를 기록하며 2012년 670건으로 세계 10위권까지 도약했다. 전세계 도시별 순위에서는 서울이 1위를 차지하고 있다.
지금까지 임상시험은 연구 인프라가 잘 갖춰진 미국·독일·프랑스 등 주로 선진국이 주도해 왔으나 최근 10년 사이에 인도·한국·중국 등 후발주자가 성장을 거듭하면서 세계 시장에서 치열한 경쟁을 펼치고 있다.
특히 한국은 2000년 임상시험 시장에 진입한 이후 불과 10여년 만에 아시아 1위(전세계 10위)에 오르며 임상시험 선진국으로 발돋움할 수 있는 발판을 구축했다.
의학계는 "높은 의료수준과 정부의 과감하고 꾸준한 지원을 기반으로 다른 국가에 비해 저렴한 연구비를 내세워 비교적 짧은 시간에 임상시험의 선진국 반열에 오를 수 있었다"고 밝혔다.
하지만 임상시험 용역에 부가가치세를 부과할 경우 우리나라의 임상시험 가격 경쟁력이 떨어져 경쟁 국가에 뒤쳐지게 될 것으로 우려하고 있다.
병협은 "부가가치세 용역에 대한 부가가치세 부과는 의료산업화를 위해 불필요한 규제를 개선한다는 정부의 정책과 배치되는 조치"라며 "임상시험에 대한 부가가치세 부과는 신중해야 한다"고 지적했다.
