서울특별시의사회는 정부의 현금영수증 발급 의무화 방침과 관련, 의료기관의 경우 실제 주고받은 재화의 내용을 영수증에 기록할 수 없는 구조적 문제가 있다며 간이영수증으로 대체하고 정확한 영수증은 연말에 한 번 발급하는 것으로 개정해야 한다는 입장을 밝혔다.

서울시의사회는 현행 건강보험체계 상 의료기관은 환자에게 본인부담금을 일부 받은 후 나머지 건강보험 부담액을 심사평가원에 청구해 공단으로부터 지급받고 있다며 이때 심사과정에서 상당 액수가 삭감ㆍ조정ㆍ환수 등이 이뤄지고 있어 영수증 발급 당시에 의료기관과 환자 사이에 주고받은 재화의 내용이 정확할 수 없다는 구조적인 문제가 있다고 설명했다. 서울시의사회 관계자는 "받지도 않은 돈을 받았다고 해야 하는 이상한 상황이 벌어지게 될 것"이라며 현금영수증 발급 의무화에 따른 문제점을 지적했다.

서울시의사회는 재정경제부가 정기국회에 제출한 2004년 세재개편안이 통과될 경우 의료비는 현금영수증으로 인한 소득공제를 받지 못하므로 환자가 원하는 경우에 한해 영수증을 발급할 수 있도록 자율규제 사항으로 해야 한다고 주장했다.

서울시의사회는 대부분 영세한 의료기관의 형편에 비춰볼 때 현금영수증제도 실시로 인한 시간ㆍ경비ㆍ손실금 등의 추가 비용이 발생할 뿐만 아니라 세원 노출의 불확실성이 사라지게 되므로 과거의 불확실성에 기초한 현행 과표를 현 실정에 맞게 조정, 세율을 인하해 줄 것을 함께 요청했다.

서울시의사회는 간이영수증 대체 요구에 앞서 현금영수증제도는 모든 사업장에서 5000원 이상 거래시 영수증을 주고받음으로써 투명한 사회를 지향하고, 공평과세를 실현하기 위한 바람직한 제도라며 제도 시행에 대해서는 공감을 표했다.