그러나 건보발위가 보건복지부장관에게 제출할 정책제안서에는 건강보험정책심의위원회를 해체하고, 비용-효과에서 떨어지는 의약품을 건강보험권에서 퇴출시키는 것은 물론, 건강보험공단의 기능을 대폭 강화하는 방안이 다수 포함돼 있어 복지부가 정책제안을 어느 정도까지 받아들일지 관심이 모아진다．
건보발위는 정책제안서에서 우선, 형평한 보험료 부과체계의 개발과 관련 건보발위는 단기적으로는 소득있는 피부양자의 별도 보험료 부과, 지역가입자의 부과기준(연간소득 500만원) 일원화 등 현행 부과체계의 문제점을 개선ㆍ보완할 것을 제시했다．
장기적으로는 자영업자의 소득파악율 제고 등 가입자의 능력에 맞춰 보험료를 부과할 수 있는 여건을 조성한 후 소득기준 단일부과체계를 마련하는 방안을 제시했다．
두번째로 건보발위는 현재 국민건강보험재정건전화특별법에 의해 2002년~2006년까지 지역가입자 급여비용의 50%를 지원하고 있으나, 2007년부터 전체 가입자 요양급여비용의 20%를 국고에서 지원하는 방안을 제시했다．
세번째로 진료비 지불보상제도와 관련 단기적으로 상대가치 행위별 수가제를 개선하고 포괄수가제(DRG)의 적용범위를 지속적으로 확대(질병군 확대보다는 대상기관 확대가 우선)하고, 장기적으로 진료비 총액 규모를 관리할 수 있는 총액관리제를 도입하고, 총액의 범위 내에서 부문별 총액과 행위별로 적합한 지불방식을 결정하는 방안을 제안했다．
건보발위는 네번째로는 보험의약품 등재업무를 현행 비급여목록에서 급여목록으로 전환하도록 하고, 의약품 등재기준에 있어 선발의약품(신약)은 비용효과성을, 후발의약품(카피약)은 보험재정에 미치는 영향 등을 우선 고려하도록 하는 방안을 제시했다．
특히 상대적으로 고가인 신약에 대해서는 의약품의 가격과 수량을 연동시켜 약제비 지출의 합리성을 제고하는 방안을 제안했다．즉, 신약이라도 많이 사용하는 약의 경우 경제성평가를 통해 다음년도 가격을 조정한다는 것．
다섯번째로 요양기관 지정방식을 당연지정제에서 계약제로 전환하는 것에 대해 의료서비스의 질적 향상을 도모하고 가입자의 선택권 강화를 위해 도입의 필요성은 인정되나, 제도 도입을 위한 제반여건 및 계약이 체결되지 않을 경우의 대책마련도 함께 검토할 것을 제안했다．
여섯번째로 건강보험공단(보험자)의 역할 재정립과 관련 통합공단은 가입자의 대리인으로서 보험료율, 급여범위 등을 1차적으로 결정하고, 심사평가원은 심사기준을 마련할 수 있도록 하며, 복지부는 이를 조정 및 승인하는 방안을 담고있다고 밝혔다．
이에 따라 보험료 및 급여 등의 결정기구인 건강보험정책심의위원회를 해체하고 공단 산하에 가입자위원회를 구성해 보험료 및 급여 등을 1차적으로 결정하고 최종 승인은 복지부가 해야 한다고 제시했다．
건보발위는 또 공단이 보험자로서 자율성과 책임을 가지고 종래 정부가 관장하던 역할을 수행하기 위해서는 공단의 역량을 강화해야 하며, 가입자의 권익을 향상할 수 있는 제도적 기반이 전제되어야 한다는 점도 밝혔다．
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