건강보험심사평가원이 집중치료실, 슬관절치환술 등 요양급여 적정성 평가결과를 대거 발표할 예정이나 뚜렷한 기준에 의한 평가결과가 나와야 한다는 지적을 받고 있어 적정성평가의 전문적ㆍ체계적 기반 확충이 필요할 것으로 보인다．

또한 약제 적정성평가의 경우 잘못된 평가기준이 개선되지 않고 평가과정에 그대로 적용되고 있어 평가결과에 대한 신뢰성에 의문이 제기되고 있다．
특히 의료계는 이러한 평가결과를 이용해 요양기관의 진료비를 가감지급하겠다는 심사평가원의 입장에 대해 강력하게 반발하고 있어 적정성평가에 대한 근본적인 문제해결이 요구된다．

심사평가원 평가실 관계자는 "3년동안 적정성평가를 실시해 오고 있으나 지불제도의 변화 및 의료의 질에 대한 관심 및 기대수준이 상승하고, 의약계의 부정적 시각과 이에 따른 갈등 발생 등으로 인해 평가과정에 어려움을 겪고 있다"고 밝혔다．

또한 "적정성평가의 문제점 중 핵심은 임상진료지침 및 질 측정 지표의 개발 미흡과, 평가역량이 충분하지 않아 전문성 등이 결여되어 있다"고 언급했다．

이 관계자는 특히 "진료비 청구 및 심사를 목적으로 설계한 진료비 청구명세서를 적정성평가에 사용하고 있으나, 적정성평가에 필요한 자료(환자의 중증도 보정에 필요한 주요 변수들)들이 누락되어 있어 평가자료 확보에 상당한 애로점이 있다"고 밝혔다．

이와는 반대로 의료계는 적정성평가에 적용되는 기준이 제대로 마련되어 있지 않은 상황에서 심사평가원이 실시한 평가결과는 100% 신뢰할 수 없다는 입장을 보였다．

의료계 한 관계자는 "항생제를 많이 사용할 수밖에 없는 의료기관임에도 불구하고 이러한 특성이 충분히 반영된 평가결과가 나오지 않고 무조건 최하위 기관으로 선정하고 개선할 것을 요구하는 것은 문제가 있다"고 말했다．
이 관계자는 "고가약에 대한 정의가 제대로 정의되지 않고 있는데, 평균보다 높은 가격의 약을 사용했다고 처방행태를 바꿀 것을 요구하는 것도 심각한 부작용을 초래할 수 있다"고 언급했다．

의협 관계자도 "잘못된 기준에 의한 평가결과를 신뢰하기도 힘든 상황임에도 불구하고 심사평가원이 이를 이용해 진료비를 가감지급하겠다는 것은 절대 받아들일 수 없다"며, 적정성평가가 재정절감에만 초점이 맞춰져서는 안된다고 주장했다．