교육인적자원부 대학행정지원과는 치과대학 가운데는 서울치대와 경북치대, 전북치대가 2003년 전환 의사를 밝혀왔으나 의과대학의 경우 전환대학이 국립의과대학은 한 곳도 없고 사립의과대학 가운데 긍정적 검토를 하고 있는 곳은 있으나 대학본부와의 협의 과정등이 남아 있어 최종 발표할 단계는 아니라고 밝혔다.
서울 소재 의과대학 가운데 J의대, K의대가 2003년부터 의학전문대학원으로 전환을 확정한 것으로 알려졌으나 해당 의과대학 측은 사실무근이라고 해명했다.
지난해 의학전문대학원 추진위의 설문조사에서 전환의사를 밝혔던 7개의대 가운데 가장 먼저 서울의대가 1월10일 주임교수회의를 열어 교육인적자원부 안이 변질되었다는 점을 지적하고 수여학위 등의 문제를 들어 현행 2+4제도를 고수할 것을 밝힌 바 있으며, 1월12일 의과대학장협의회에서도 원칙적으로 반대 입장을 분명히 해 많은 대학들이 영향을 받은 바 있다.
현재 대부분의 대학들은 현재의 2+4체제를 이수한 졸업자는 학사학위를 받는 반면 의학전문대학 졸업자들은 석사학위를 받는 수여학위의 불균형으로 인해 이 제도를 받아들일 수 없으며, 더욱이 현실적으로 3년이내에 의학교육입문시험(MEET)을 준비하기 어려운데다 해당 예산이 아직 확보되지 않았다는 것을 지적하며, 내년 도입은 무리라는 입장이다.
그러나 연세의대 등 일부 대학은 의학전문대학원 자체에 반대하는 것이 아니라 내년에 당장 도입하기에는 무리라는 현실적 이유가 커 내년 이후 의학전문대학원 전환을 희망하는 의대가 점차 늘어날 것이란 전망도 나오고 있다.
한편 대부분의 의대와 교수들이 교육인적자원부의 이번 계획에 반대하고 있으나 일부에서는 현재 의예과 교육이 파행적으로 이루어지고 있어 어떤 형태로는 의대교육의 개혁이 필요하고, 이번 안에서 의대들이 잇점을 취할 수 있는 것도 많다는 지적도 나오고 있다.
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