국민건강보험공단이 조직ㆍ인력ㆍ예산을 방만하게 운영하고 있는 것으로 드러났다．
감사원은 2004년 4월부터 6월까지 국민건강보험 운영실태를 총체적으로 감사한 결과 그러한 사실이 확인됐다며, 공단에 대한 강력한 구조조정을 실시할 것을 보건복지부장관에게 촉구했다．
감사원에 따르면 공단은 지사를 통ㆍ폐합하기보다는 상위직급을 증원할 목적으로 오히려 1급지 지사 설치기준을 하향조정해 종전의 시군구별 1지사 설치 원칙을 고수하고 있다는 것이다．
또한 직급별 정원이 5ㆍ6급보다 4급 이상 인력이 많아지는 기형적 구조가 고착되고 있고, 노동조합 전임자를 정부기준 11명보다 많은 78명을 두고 있어 연간 인건비로 27억원(2004년 기준)이 추가 지출되고 있는 것으로 나타났다．
특히 근거가 없는 중식비를 지급해 편법적으로 임금을 인상하고, 성과상여금을 지급하기 위해 2004년도 예산 예비비에 총인건비의 3%(143억원)를 계상하는 안을 복지부장관으로부터 승인받기도 했다．
감사원은 공단 조직운영의 효율성을 높일 수 있도록 지사 설치기준을 재설정하고, 농어촌의 소규모 지사와 행정구역이 인접해 있는 중소도시와 대도시에 있는 일부 지사를 인접 지사와 합리적으로 통ㆍ폐합 하도록 복지부장관에게 통보했다．
감사원은 공단의 인력 운영과 관련 복지부장관에게는 장기근속자의 인사적체는 근속승진제도를 활용해 해결하도록 하고, 공단 이사장에게는 노조 전임자 수를 정부 기준에 맞게 조정할 것을 지시했다．
예산 운영과 관련해서는 복지부장관은 정부의 예산편성지침 및 기준에 어긋나는 것을 승인하는 일이 없도록 하고, 공단 이사장에게는 시간외 근무와 관계없이 일률적으로 시간외 근무수당을 지급하지 말라고 통보했다．
