국민건강보험공단이 보건복지부를 무시하고 단독으로 추진하려다 논란이 됐던 건강보험법개정법률(안)에 공단을 보험자로 명확히 규정하고, 재정운영위원회를 가입자위원회로 개편하는 것은 물론 보험료ㆍ수가ㆍ약가를 공단이 결정해야 한다는 내용이 포함된 것으로 확인됐다．

또한 심사평가원이 보험자 역할을 수행하는 부분(신의료기술 결정과 관련 전문평가위원회 운영)도 공단으로 이관해야 하고, 심사평가원은 심사와 평가업무만 할 것을 제안해 향후 논란이 될 것으로 보인다．
공단은 법률안에서 복지부의 위임업무만 처리하는 기관에서 탈피해 실질적인 보험자로서의 역할을 해야 하며, 이를 위해 보험료, 수가, 약가 등을 결정할 수 있는 가입자위원회를 신설해야 한다고 제안했다．

공단은 기존의 재정운영위원회는 보험료 조정 및 기타 보험재정에 관한 주요사항을 심의ㆍ의결했으나 가입자 대표기구로서의 역할을 하지 못했으며, 건강보험의 주요사항은 정부가 결정했으므로 새롭게 구성되는 가입자위원회에서 이러한 업무를 담당해야 한다고 언급했다．

즉, 공단은 가입자위원회를 통해 보험료 및 요양급여기준을 결정하고, 수가도 결정해 명실상부한 보험자로서의 기능을 가져야 한다는 것．

공단은 법률안에서 약제비 결정과 관련 현행 결정방식은 형식적인 약가 조사에 머무르고 있고, 이로 인해 약가인하 효과가 미미하므로 중장기적으로 계약제 전환이 필요하다고 밝혔다．
공단은 요양기관 자료요청 및 사실조사ㆍ확인 업무와 관련 사실조사에 대한 법적근거를 분명히 하고, 요양기관이 자료제출을 하지 않을 경우 처벌조항도 강화(6월 이하의 징역 또는 500만원 이하 벌금)해야 한다고 밝혔다.

특히 공단은 조직운영, 인사, 예산운영, 이사장 선임 등에 대한 자율성이 없으므로 자율ㆍ책임경영을 할 수 있도록 법을 개정함은 물론, 보험자로서 수가, 약가, 진료비지불 및 보험료 부과체계 개발 등 건강보험 정책연구 기능도 강화해야 한다고 명시했다．

또한 진료비영수증 미발급시 강제규정이 없어 의원급 영수증 발급률이 23．1%밖에 되지 않는다며, 보험재정 누수요인을 제거하기 위해서라도 영수증 발급을 의무화하고, 벌칙을 법률에 규정해야 한다고 제안했다．

공단은 부당이득의 징수 업무와 관련 허위ㆍ과잉처방 약제비에 대한 원인제공 의료기관으로부터 부당이득 환수의 법적 근거를 둘러싼 논란이 제기돼 환수업무 처리에 지장이 초래되고 있으므로 허위ㆍ과잉처방 약제비 환수 근거를 명확히 하고 부당ㆍ착오청구에 대한 용어를 분명히 할 것도 밝혔다．

한편, 공단은 이같은 내용의 법률안을 열린우리당을 통해 의원입법으로 추진하려고 했으나 현재 복지부의 반대가 심하고, 열린우리당에서도 입법추진을 꺼리고 있어 제동이 걸린 상태에 놓여있다．