복지부는 보건복지업무에 대한 이해를 돕기 위해 최근 발간한 '2004년 주요업무 참고자료'에서 건강보험 지표를 소개하면서 '약국 진료실적은 제외'라고 명기, 입원·외래와 같이 약국을 진료의 한 분야인 것처럼 표기했다．
건강보험 지표는 조제위임제도(의약분업) 시행 이후인 2002년과 2003년의 수진율·건당 진료비·건당 진료일수를 직장과 지역의 입원·외래로 나눠 집계한 것으로 '약국 진료실적'이라는 표현을 할 여지가 전무한 상황이다．
복지부는 또 2004년 주요업무를 소개하면서 '보건의료정책' 분야 가운데 '의약분업의 안정적 정착'과 관련, 성분명 처방제 도입 및 대체조제 활성화를 추진하겠다고 밝혀 의료계의 반발을 사고 있다． 복지부는 성문명 처방제 도입과 관련, "현재 의사의 자율기재 사항인 처방의약품 명칭을 단계적으로 보완·발전시켜 성분명 처방을 도입하겠다"고 밝혔다．
아울러 대체조제 활성화와 관련해 ▲생동성 인정품목의 확대를 통한 대체조제 활성화 ▲생동성시험을 위한 행정절차의 간소화·신속화 ▲성분별 '생동성시험 표준지침'을 연차적으로 마련 등을 제시했다．
복지부는 의약분업의 안정적 정착을 위한 방안으로 항생제 등 오·남용 감소, 질병의 조기발견 등 의약분업 성과를 체감할 수 있도록 신문광고 등을 통한 전략적 홍보를 지속적으로 실시하고, 의약분업 추진경과 및 관련 정책결정사항 등을 망라·기록하는 의약분업 백서를 발간키로 하는 한편 담합 등 불법행위에 대한 단속을 강화하겠다고 밝히는 등 정책실패의 대표적 사례로 손꼽히는 의약분업제도를 전략적 홍보로 대신해 보겠다는 의지를 내비쳤다．
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