의약분업은 기획단계에서부터 합리성이 부재된 주객이 전도된 진행이었으며, 국민의 편익과 비용은 물론 의약품 오남용 방지를 비롯한 정책목표를 달성하지 못하고 있다는 비판이 제기됐다．

이원로 인제대 일산백병원장은 4월 27일 오후 1시 프레스센터 국제회의장에서 개최된 '제4차 자유의료포럼-의약분업 개선을 위한 토론회'에서 이같이 지적하고 국민편익이라는 대원칙아래 대폭적인 수정과 보완이 필요하다고 주장했다． 이 원장은 이날 의약분업의 대안으로 직능분업을 전제로 한 국민선택(선택분업)제도를 실시하고, 의약품을 전문의약품·약국약품(약국에서만 판매)·일반약품으로 재분류해야 한다고 지적했다． 이와 함께 거래마진을 인정하고 실거래가상환제도를 개선해야 한다고 덧붙였다．

지정토론자로 참석한 대한의사협회 신창록 보험이사는 ▲국회 차원의 객관적인 조제위임제도 재평가 실시 ▲농어촌, 65세 이상 노인, 3세 미만의 소아에게 국민조제선택제도 시범사업 실시 ▲의약품 관리의 투명성 확보 ▲안전성이 입증된 일반의약품의 수퍼 판매 허용 등을 대안으로 제시했다．

남상요 교수(유한대학 의무행정과)는 '일본 의약분업의 현황과 추이' 주제발표를 통해 "일본은 50년 동안 충분한 시간을 갖고 의약분업이 가지는 본래의 기능을 발휘하도록 기준약국제도 시행·의약품비축센터 가동·환자의 중복투약과 복용관리를 위한 정보제공 등 면밀히 준비해 왔다"며 "아무런 준비 없이 강행한 한국이 벤치마킹 해야 한다"고 덧붙였다．

남 교수는 일본의 의약분업은 의사의 재량권 인정, 경제적 인센티브에 의한 정책유도가 큰 특징이라고 소개했다． 남 교수는 "의약분업은 이상적인 제도이지만 현실과 이상에는 간격이 있다"며 "시간이 걸리더라도 민주적인 절차와 합의를 "거쳐 국민이 진정으로 원하고 만족할 수 있는 제도가 돼야 한다"고 강조했다．

지정토론에 나선 신종원 YMCA 시민중계실장은 "국민불편이 크기 때문에 실패한 정책이라고 하는 것에 대해 동의하지 않는다"며 대안으로 제시된 직능분업과 선택분업 모두 부정적인 견해를 밝혔다． 신 실장은 건전한 약 사용촉진을 위한 소비자 및 문화운동, 위법행위·임의조제·담합행위에 대한 단속 및 처벌 강화, 생물학동등성시험 강화를 통한 대체조제 유도 등을 제안했다．

이날 토론회에는 대한약사회(신현창 사무총장), 대한병원협회(우영남 한양대병원장), 언론계(고종관 중앙일보 건강팀 부장) 관계자가 토론자로 참여, 의약분업이 나아갈 방향에 대해 열띤 토론을 펼쳤다．