보건복지부는 향후 2년 동안 연구해 오는 2006년부터 적용 할 새로운 상대가치점수연구를 건강보험심사평가원의 자체연구사업으로 추진키로 했다.

그러나 행위 정의 및 분류 등에 대해서는 의사협회 등 관련단체가 주관해 진행한다고 밝혔다.
이에 따라 5,000여 개의 행위에 대해 의사협회와 치협, 한의사협회, 약사회 등에서 각 해당 행위에 대한 정의 및 재분류 작업을 실시하고, 심평원 연구팀에서 재검토키로 관련단체와 합의했다.

또한 행위 업무량의 상대가치점수 산정 중 방법론에 대해서는 상대가치운영기획단과 심평원 연구팀이 추후 함께 논의키로 하고, 연구팀에서 구체적인 각 행위 업무량의 상대가치점수를 산정키로 했다.
또 진료비용의 상대가치점수 산정 가운데 방법론에 대해선 심평원 연구팀과 병원협회 및 별도의 연구기관 등과 추후 논의키로 하고, 별도의 연구기관에서 진료비용 상대가치점수를 산정키로 했다.