병협은 최근 논의되고 있는 지방세 제도 개선과 관련, 의료사업이 비영리법인의 주된 고유목적사업인 경우 의료기관 설립형태와 무관하게 '용도구분에 의한 비과세'로 규정, 취득세,등록세,재산세,종합토지세,도시계획세,공동시설세 및 사업소세 등을 과세대상에서 제외해 달라고 보건복지부에 건의했다.
병협은 의료업은 공익성이 강한 비영리사업의 성격을 띄고 있을 뿐 아니라 의료기관의 역할에 있어서도 설립주체별로 차이가 없는 현실에서 차별과세는 형평에 어긋난다는 입장이다.
현재 병원급 의료기관의 경우 국가가 운영하는 의료기관, 학교법인이 운영하는 의료기관, 의료법인이 설립하여 운영하는 의료기관 등 설립 당시 사업성격 또는 등록 부처에 따라 지방세 납부시 차별을 받고 있는 실정이다. 현행 지방세법 시행령은 수익사업의 범위 예외조항에 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업, 사회복지사업법에 의해 설립된 사회복지법인이 경영하는 의료업으로 국한하고 있다.
병협은 지방세법 시행령 개정안에 '의료법(의료기관) 제 3조 제 3항 내지 5항(의료기관종별) 규정에 의해 설립된 의료기관이 경영하는 의료업'으로 개정하고, 제 79조(비영리사업자의범위)에도 같은 내용을 신설함으로써 차별과세를 없애야 한다는 입장이다.
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