복지부가 의료급여 수급자에 대한 실시간 급여내용을 확인하기 위한 자격관리시스템을 도입하고, 의료급여환자에게도 본인부담을 내도록 하는 방안을 마련해 강행하자 의료계와 시민단체로부터 큰 반발을 샀다.

복지부가 7월 1일부터 시행한 의료급여제도는 의료급여 1종 수급권자가 외래진료시 치료비와 약값을 부담하는 본인부담제 ？의료급여 상한일수를 초과한 의료급여 수급권자에게 1차의료기관(의원급) 한 곳을 정해 본인부담 없이 이용토록 하는 선택병의원제 ？본인부담제 및 선택병의원제 도입에 따른 효율적인 업무수행을 위해 '의료급여 자격관리시스템' 운영 등을 주요 내용으로 담았다.

이와 관련 대한의사협회는 의료급여 수급권자의 급여내용을 실시간으로 확인하도록 한 자격관리시템은 수급자의 인권을 침해할 수 있는데다 공단이 해야 할 일을 의료기관이 함으로 인해 부담을 가중시킬 수 있다며 제도시행을 강력히 반대했다.

더군다나 의료급여 자격관리시스템은 주상병분류기호·투약일수 및 입(내)원일수 등을 입력해야 하는데, 이 시스템은 데이터 입력 및 송수신 지연과 관련한 민원발생, 환자 대기시간 소요 등 행정부담을 전적으로 의료급여기관에 전가시켜 경영에 막대한 어려움을 줬다.

수급자들 또한 일정한 금액의 본인부담에 대한 불만은 물론 건강보험환자와 의료급여 수급자가 분리됨으로 인해 수치심 유발 등 인권적으로 큰 침해를 주는 부정적인 시각을 보였다.

학계에서도 정부의 의료급여법 시행령 및 시행규칙 개정안은 의료급여 수급권자에 대한 차별을 강화시키는 것은 물론 적절한 의료이용도 매우 엄격하고 제한하고 있다며 일침을 가하기도 했다.

그러나 의협은 의료급여제도변경이 많은 문제를 내포하고 있음에도 불구하고 정부가 성분명 처방 시범사업을 하겠다고 밝혀 하는 수 없이 '의료급여 투쟁'을 접게 됐다.

하지만 의료급여제도 변경과 관련 헌법소원과 행정소송(효력정지가처분신청)을 제기하는 등 투쟁의 끈을 놓지 않아 앞으로도 계속 문제점을 지적하고 제도개선을 요구할 방침이다.