재정경제부와 국세청에서는 국민편의를 목적으로 올해 연말정산부터 근로자가 소득공제를 위해 제출하는 7개 항목(의료비 포함)의 관련서류를 발급기관(의료기관)이 근로자를 대신하여 전산으로 국세청에 제출해 주면, 이를 근로자가 국세청 인터넷을 통해 한번에 출력 가능하도록 관련 업무를 진행하고 있다.

2005년 재정경제부에서 연말정산 서류간소화 추진을 시행할 시점부터 의료계는 현실적으로 전산화 미비, 비급여내역 추가 통보에 따른 행정·비용부담과 환자 진료 정보  보안 등을 사유로 5개 의약단체가 공조하여 반대 및 보류에 관한 성명서를 제출하는 등 강력히 건의했다． 그러나 정부는 이에 대한 고려없이 법을 개정, 공포 하였다.

특히 의약단체는 의료기관과 많은 분쟁을 일으키고 있는 공단을 자료집중기관으로 지정하는 것은 부적절하다는 의견을 수차례 제시했으나, 국세청에서는 의료계의 의견은 어느 것 하나 반영하지 않고 일방적으로 진행시켜 2006년 9월 공단을 자료집중기관으로 발표하였다.

지정된 이후에도 공단과 의약단체간의 업무협의회를 통하여 세부시행방안에 대해서 논의하였으나 의약단체에서는 시행초기이고, 의료기관에서 아직 준비가 안되어 있는 현실을 감안하여 가능한 범위내에서 서류병행, 전산제출범위 최소화 등으로 시행할 것을 요구하였다． 그러나 결국 국세청·공단과의 협의가 결렬되고, 의약단체 의견이 미반영된 방안이 일방적으로 시행되기에 이르렀다. 특히 국세청은 일부 병원급 의료기관 실태조사 결과 비급여가 포함된 전체 의료비수납 내역이 전산화 되어있는 것으로 파악하고 한의사협회가 요구한 한의원의 전산화 실태조사요구도 묵살하며 의약단체의 현실을 반영해 달라는 요구를 외면하였다．

이밖에도 환자정보 공개에 따른 의료법 위반 가능성, 현 시점에서 1년간의 전체 환자 수납금액을 일일이 전산 입력하는 것은 의료기관 여건상 불가능한 점, 올해는 모든 의료기관이 준비가 부족한 관계로 기존의 영수증 서류발급 병행 요구사항·건강보험·자동차보험·산재보험 진료비 자료는 이미 국세청에서 보유하고 있어 이중 제출이므로 제외 요구한 사항, 환자별 일별이 아닌 월별 금액 제출, 공단의 검증과정 불필요 등 많은 사항이 남아있지만 반영되지 못하고 있는 실정이다．

이러한 일련의 과정을 볼때 실제 이 제도의 목적은 소득공제 대상 근로자의 편의제공에 있음에도 불구하고 근로자의 편의를 위한 의료계의 다양한 정책적 제안은 무시하고 일방적인 제도추진만을 밀어붙이는 형세다． 이는 다른 목적을 두고 누락된 자료를 빌미로 의료계 현실을 무시한 체 행정지도권까지도 발동할 수 있도록 하고 있는 행정편의를 위한 제도로 국세청의 탁상행정의 결과라고밖에 볼 수 없다.

더구나 전체 근로소득자중 연말정산의료비대상자는 실질적으로 12%정도로 파악되고 있는데 근로소득자 전체의 의료비를 제출하라는 것은 국세청이 해야 할 업무를 의료기관에게 일방적으로 짊지우며 어떠한 행정적 지원도 하지 않고 그저 명령만으로 편하게 공무를 집행하는 편의를 위한 행정이지 국민을 위한 행정은 아닐 것이다．

이 제도 도입 당시부터 의약단체는 서로 같은 고민속에서 합심하여 공동으로 대응, 제도적 보완을 주장하여왔고 이후에도 계속적으로 공조하여 문제점 개선에 주력하여 왔다．

앞으로도 세부적으로 연말정산 대상자를 연초부터 의료기관에서 제대로 파악하여 안내문을 부착하여  전체 환자자료를 제출하는 비효율성 방지, 급여자료 이중제출 방지, 전산제출 환자 영수증 이중 발급 방지 등 문제점을 개선하는 데에도 노력을 기울일 필요가 있다．

제도적으로는 환자의 개인정보 본인 결정권의 침해나 환자정보유출에 따른 기본권침해와 의료기관의 직업수행의 자유 침해, 평등의 원칙에 위배되는 장애인부장구 구입관련 소득공제자료는 전산자료 미제출점등이 있어 위헌소송도 진행할 수 있을 것이다．

특히 내년에는 소득세법 시행령이 개정되어 2년 동안 한시적으로 미용과 성형 및 건강증진 목적의 의료비도 소득공제대상으로 포함시키고 있다. 즉흥적으로 떠올려봐도 이런 개정목적은 근로자를 위한 소득공제제도라기 보다는 의료기관의 소득파악등 다른 의도를 포함한 제도개선으로 여겨진다．

국세청을 비롯한 재정경제부는 제도시행의 취지와 목적에 적합하게 제도를 개선함은 물론 시행해야 할 것이다. 현실적으로 자료제출이 불가능한 점을 이해하지 않고 행정지도를 남발할 경우 이것은 오히려 성실하게 납세의무를 수행하고 있는 대다수 의료기관을 준범죄자로 취급하는 결과가 되어서 오히려 원만한 납세행정에 좋지 않은 결과를 가져올  것이다.

이러한 제도 개선을 위하여 5개 의약단체도 서로간의 조금씩 있는 현실적 차이를 부풀리기보다 더욱 굳건히 공조하면서 제도개선이 이루어질 수 있도록 최선의 노력을 같이 해 나가야 할 것이다．