연세의대 조우현 교수팀의 연구보고에 따르면 주 40시간 근무제 시행으로 진료수익이 의료기관 종별에 따라 적게는 2%에서 많게는 7．1% 정도 감소할 것으로 전망했다． 이러한 전망은 대부분 적중하고 있다． 제도 시행 5개월을 맞은 병원계는 토요일 외래환자가 평균 20%가량 감소한 것으로 파악하고 있다．
의료계는 주 40시간제의 혜택은 받지 못한 채 비용만 더 늘어나고 있다며 상당한 불만을 표출하고 있다． 건강보험에서 인정하는 의료계의 평일근무는 오후 6시가 아닌 오후 8시(토요일 오후 3시)． 정부당국은 2001년 7월 의료기관의 야간가산율 적용시간을 2시간 늘려놓은 이후 주 40시간제가 궤도에 진입한 현재까지 이에 대한 대안을 제시하지 않고 있다． 지난 5월 의·병협을 비롯한 치협·한의협·간협·약사회 등 의약계 6개 단체장들은 "야간 가산율 시간대를 의약계만 달리 적용하는 것은 타 직종과의 형평성에 어긋날 뿐 아니라 근로기준법 위반"이라며 원래대로 환원시켜 줄 것을 공식 요청하고 나섰다． 의약계는 토요일이 사실상 휴일 개념이 되고 있는 상황에서 토요일 진료는 당연히 휴일 가산료를 인정해야 한다고 주장했다．
한편, 주 40시간 근무제 시대가 본격화되고 있음에도 전공의들은 한 주 96시간만 일하게 해 달라는 이색적인 주장을 하고 나서 눈길을 끈다． 주당 100~140시간 이상 혹독한 노동강도에 시달리는 전공의의 노동 현실은 주 40시간 근무제를 시행하는 현실 속에 가려진 암울한 그늘인 셈이다．
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