의협은 1996년 발전위원회, 2000년 강화특별위원회, 2001년 개혁추진위원회를 구성ㆍ운영한 결과 강한 의협을 만들기 위한 여러 가지 방안을 내놓았다．

먼저 발전위원회는 예방접종, 건강검진의 문제점과 개선방안, 보건정책 평가단 신설, 대국민 활동으로 국민건강보장위원회와 국민건강보장이사 신설, 국민건강 교육강화 방안, 환경활동 활성화 방안, 대회원 교육, 회원 복지, 의사연수교육 개선, 회원자율징계와 윤리위원회 개편, 의협 회관 건립 등을 제안했다． 다음으로 강화특별위원회는 구조조정 방안, 회원 결속방안, 재정확보 방안, 대내외 홍보 강화방안, 불법의료행위 감시단 운영, 의정회 강화방안 등에 대한 중요성을 제안했다． 즉, 두 위원회는 100여년의 역사 속에서 의협이 내부역량을 강화해 명실상부한 종주 단체로 자리매김 할 수 있는 부분에 대한 고민을 많이 했음을 알 수 있다． 　 개혁추진위원회는 위의 두 위원회가 고민한 영역에 대해 좀더 구체적인 실천방안을 내놓았다． 이 위원회는 '조직 민주화를 위한 개혁방안', '윤리강화를 위한 개혁방안', '정책 및 재정강화를 위한 개혁방안' 3가지를 제시했다． 조직 민주화를 위한 개혁방안으로 의협 회장의 직선제와 이사회의 기능과 역할, 대의원구조의 조정 등을, 윤리강화를 위한 개혁방안으로는 윤리위원회의 기능강화는 물론 독립성ㆍ공정성 확보에 대한 개혁방안을 제안했다． 또한 정책 및 재정강화를 위한 개혁방안에서는 의협조직의 전문성강화, 사업예산의 효율적 집행운영, 수익사업, 의협 재정의 투명성 확보 등 일반재정 강화방안과 의료정책연구소의 설립ㆍ운영, 우수정책인력양성 기금조성, 국민건강증진기금조성, 회관신축 등에 관한 개혁방안을 제안했다． 그러나 의개위도 한국의료의 장기적 비전과 의협의 역할에 대해서는 언급을 하지 못하는 한계를 보였다． 2003년 의협 의료정책연구소가 발간한 '의협 발전방안에 관한 연구 보고서'에 따르면 '의협 장기적 비전에 대한 의사들의 요구도 조사'에서 회원들은 '진료 자율성 확보'를 우선으로 꼽았다． 그 다음으로 국민 신뢰회복, 보건의료정책 전문성 확보, 의료윤리 확립, 회원 권익신장, 운영의 민주성 강화 등에 대한 요구가 높은 것으로 나타났다．이는 위의 세 위원회가 중요하게 제시했던 것과 차이를 보이는 것으로 향후 100년 비전 선포에서 중요하게 고려해야 할 것으로 보인다． 이와 관련 의협이 비전을 선포하는 데 있어서 중요하게 고려해야 할 부분은 '이익단체로서의 확고한 자리매김'과 '공익단체로서의 기능 강화'이다． 대한의학회 김건상 부회장은 "의료의 특성상 의협은 회원들을 위한 이익을 대변해야 하는 과제도 있지만 국민들의 건강을 책임지고 있으므로 공익 활동에도 초점을 맞춰야 할 것"이라며, 두 마리 토끼를 모두 놓쳐서는 안된다고 말했다． 　 서울대 사회과학연구원 사회발전연구소가 2001년 3월에 발표한 '의약분업에