그러나 복지부 산하 분쟁조정위원회는 90일 이내 심사청구에 대한 결정을 요양기관에 통보해야 하나 법정기간내 처리를 제대로 하지 못하는 것은 물론 전문인력 등의 부재로 운영이 미흡한 것으로 나타났다．
복지부는 의료기술의 발달과 새로운 장비 도입 등으로 의료환경이 발전되고, 이로 인해 의ㆍ약학적 타당성 논란 증가 및 요양기관의 권리의식이 신장해 요양기관의 심사청구건수는 2001년 689건에서 2002년 3029건, 2003년 3041건, 2004년 3100여건으로 계속 증가하고 있다고 밝혔다．
그러나 현행 조직체계로는 계류중인 업무처리에 많은 시간이 소요되고, 전문 인력 부족으로 신규 발생하는 업무를 감당할 수 없어 미처리 물량이 누적되고 있다고 언급했다．
복지부는 요양기관이 심사결과에 대한 이의신청을 하고, 이의신청에 대한 결정에 또 다시 이의신청(심사청구)을 할 수 있는 것은 행정심판제도의 마지막 단계이지만 법정기간 내 처리 및 전문적 검토 미흡으로 적법한 권리구제의 기능을 못하는 실정이라고 밝혔다．
특히 2003년~2004년 8월까지 약 5000여건을 처리했으나 모두 법정기간(90일 이내)을 초과해 이에 대한 대책으로 심사평가원에 '심사청구 전담지원팀 운영', 요양급여비용 청구방법 개선, 전담인력 충원(복지부, 심사평가원), 분쟁조정위원회 내 심사청구 전담 사무국 설치 등이 필요하다고 강조했다．
이에 따라 복지부 산하 분쟁조정위원회의 위원을 현행 20인에서 35인으로 확대하고, 분쟁조정위원회 사무국을 조정1ㆍ2과로 나누고, 분쟁조정위원회의 전문성 및 효율적인 심사를 위해 5인 이내의 소위원회를 구성하도록 하는 건강보험법개정안을 마련했다고 밝혔다．
한편, 복지부는 중장기적으로 건강보험, 국민연금, 의료급여 등을 통합해 심사청구제도를 운영하는 방안도 검토중에 있는 것으로 알려졌다．
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