또한 금기 약물 처방에 대해 약사가 의사에게 확인했으나 변경을 거부해 그대로 조제한 경우 의료기관의 약품비와 외래관리료가 삭감되고, 반면, 약국은 약품비 및 조제비용이 삭감되지 않는다．
다만, 약사가 병용 금기에 대해 의사에게 고지했으나 타당한 사유로 인해 처방 변경이 불가능해 약제비 청구서 참조 내역에 동 사항을 기재한 경우 삭감 전에 확인 절차를 밟기로 해 불이익을 최소화 하기로 했다．
심사평가원은 병용금기 약물 등에 대해 전산심사를 7월 진료분은 해당 요양기관에 내역만을 통보하고, 8월 진료분부터 해당 약물에 대해 심사조정키로 했다고 밝혔다．
따라서 의료기관은 금기 약제 처방 시 특별히 유의해야 하고, DUR 전산프로그램을 조속히 설치해야 할 것으로 보인다．
심사평가원에 따르면 약의 용량에 대해서는 이미 심사가 진행되고 있고, 배합 및 연령별 금기 약물에 대한 심사는 부분적으로 시행되고 있다．특히 지난 1월 복지부가 병용 금기 162성분, 특정 연령 금기 10성분을 고시함으로 인해 앞으로 전산심사가 강화돼 삭감조정되는 사례가 많아질 것으로 보인다．
이와 관련 의협은 모든 약제의 용량 및 기준의 획일적 적용에 따른 의사의 처방권 침해와 심사삭감의 수단으로 악용되는 것에 대한 방지대책 마련과 제도 시행에 앞서 홍보와 교육을 위한 충분한 계도 기간이 필요하다고 주장해왔다．
한편, 병용 금기 49성분, 특정 연령 금기 4성분의 약제는 현재 의협과 심사평가원에서 논의가 진행 중이므로 당분간 전산심사 대상에서 제외돼 실제로 전산심사 대상은 병용금기 113성분, 특정 연령대 6성분으로 축소됐다．
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