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의료계의 숙원사업인 한국의사국가시험원이 1992년 5월 16일 이촌동 대한의사협회에서 현판식을 갖고 발족했다.
1977년 한국의학교육협회가 주최한 '의학교육세미나'에서 의사국가시험원 설립 필요성이 제기된 후 15년 만에 이뤄진 일이다.
의사국가고시는 1952년부터 1993년까지 42년 동안 정부가 주도하였으나, 한국의사국가시험원 개원으로 민간인 의협이 주도하면서 의료계 역사의 새 장을 열게 되었다.
그동안 의료계는 국립보건원 주관의 의사국시제도에서 시험출제 기준의 불완전, 시험문제의 질적 관리 체계결여, 시험과목 및 문항 수, 배점 타당의 불합리 등 질적 관리 문제점 등을 지적하고 제도 개선을 위해 전문기구의 설립이 필요하다는 의견을 꾸준히 제기해 왔다.
특히 1980년대부터 급격히 증가된 신설의대로 인해 응시자가 3000명을 돌파하게 되면서 관 주도의 의사국시제도의 문제점이 제기됐고, 의협이 주장한 의사국시제도의 전문성 확립이 당위성을 얻게 됐다.
의협은 1990년 3월 보사부장관에게 의사국가시험원 설립을 건의했고, 1992년 2월 의협의 출연으로 자산을 3억 원으로 증액한 뒤 마침내 그해 4월 정부로부터 설립인가를 받았다.
의사국시원은 1995년 제 58회 의사국시를 시작으로 의사국가시험을 주관했다.
의사국시원은 출제경향을 '단순 암기형'에서 '임상증례 위주의 문제해결형' 중심으로 개선하고, 시험 문항 수를 늘였으며 문항 수 증가에 따라 이틀간 시험 연장을 쟁취 하는 등 시험의 질을 높이고, 수험생을 위한 제도 개선에 앞장섰다.
특히 1990년대 후반 '선 국시 후 인턴선발 시행'으로 제도를 개선함으로써 그동안 면허 없는 의사가 인턴시험을 치르는 모순된 관행을 바로 잡은 것은 괄목할 만한 큰 성과였다.
한국의사국가시험원은 이후 1998년 의협 4층에 있던 사무실을 송파구 풍납동 아산사회복지사업재단으로 이전했다. 그리고 같은 해 5월 의사 등 24개 직종의 보건인 국가시험에 대한 면허 및 자격시험을 시행하는 한국보건의료인국가시험원으로 확대 개편됐다. 이후 국시원은 2006년 서울 광진구 자양동 새 건물로 이전했다.