복지부는 대형병원 구내 약국 개설이 약사법 개정법률상 의약분업 취지에 어긋난다며 전국에 개설허가 금지지침을 내리고 733개 병원에 공문을 발송, 병원내 개인 약국의 개설을 자제할 것을 지시한 바 있다.
복지부의 이같은 조치에 대해 병원계는 현행 약사법 상 약국 개설 등록을 하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 기준에 의하여 시, 도별 약국개설등록기준에 의해 약국을 개설할 수 있게 되어 있다며 복지부의 금지지침은 현행법을 위반하는 행위라고 지적했다.
병원계는 구내 약국 개설을 금지하는 근거로 복지부가 제시한 약사법 개정법률은 7월 1일부터 시행되므로 이 날짜 이전에 구내 약국을 개설하는 것은 법적으로 문제가 없다는 입장이다.
병협은 오히려 구내 약국 개설을 금지토록 시, 도에 단속지시를 내린 복지부가 초법적인 행정조치로 국회의 입법취지를 훼손하고 있다며 반발하고 있다.
2000년 1월 12일 이전 의료기관내에 개설된 구내 약국은 5개소(서울중앙병원, 영동세브란스병원, 이대목동병원, 인천길병원, 분당차병원)이며, 1월 12일 이후에도 여의도성모병원, 강남성모병원, 부산침례병원 등 3개가 구내 약국을 개설한 바 있다.
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