감시단은 보건복지부에 중앙기동감시반을 구성·운영하며 중앙기동감시반은 약무식품정책과장을 반장으로 감시기획팀과 4개의 특별기동감시팀으로 운영하게 된다.
감시기획팀은 감시계획 수립 및 총괄조정, 감시결과 평가 등 정책의 환류기능을 수행하고 의약분업추진본부 서기관을 팀장으로 의료정책과, 보건자원정책과, 식약청에서 각 1인씩 지원받아 운영한다.
특별기동감시팀은 민간단체 감시팀과 연계하여 제보, 고발민원을 중점적으로 부당행위 의혹소지가 높은 의료기관·약국을 중점 감시하는 한편 약사감시단도 운영하는 등 의약분업에 대한 불법행위를 감시해 나가기로 했다.
16개 시·도에는 분업 특별감시반을 구성하고 전국 시·도에는 공공근로인력 총 100명을 배정하기로 했다.
의약분업특별감시반의 주요 기능은 시·군·구 감시단의 업무조정 및 고발민원 기동감시 등의 활동과 고발민원 중 반복민원과 다수민원에 대한 합동감시를 실시한다.
시·군·구보건소에도 의약분업 감시단을 구성, 보건소에 사무실을 두고 관내 의료기관과 약국에 대한 감시활동을 하며 전국적으로 통일된 민원처리를 위해 전화신고센터를 운영한다.
특히 전국적으로 통일된 전국 전화번호(국번없이 1337)를 부여받아 민원을 처리하게 된다.
감시단의 운영기간은 복지부의 감시기획팀 및 특별기동감시팀이 9월부터 오는 12월까지 4개월간이며 식약청, 6개 지방식약청, 시·도및 시·군·구는 복지부와 보조를 맞추되 12월이후에는 자체사정에 따라 조정해 나가기로 했다.
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