보건의료 전문가들은 이 법 제정이 종합적이고 체계적인 보건의료정책의 수립과 시행체계를 마련한다는 취지에는 이의가 없겠으나 현행 적용되고 있는 의료법, 약사법, 국민건강보험법과 이 법에 따른 하위법령인 시행규칙 등이 따로 시행되고 있는 현실에서 정작 보건의료기본법과 이들 법과의 연계성을 조정하는데는 한계가 있으며 오히려 혼용될 소지가 있다는 주장이다.
당초 보건복지부는 이 법이 21세기를 대비한 국민의 새로운 보건의료 수요변화에 대응하고 현행 보건의료법령간에 체계성 및 연계성을 갖고 각 부처의 보건의료 기능에 대한 종합·조정기능을 강화하여 종합적인 보건의료정책을 수립하고 시행체계를 마련한다는 차원에서 제정했다.
그러나 의료계는 현재 시행되고 있는 의약분업제도·국민건강보험법 등에서 벌써부터 이 법과 마찰을 빛고 있는 등 문제점이 속속 들어나고 있다는 지적이다.
이 법의 3조 3항에서 보건의료인은 보건의료 관계법령이 정하는 바에 따라 자격·면허를 취득한 자 또는 보건의료 활동이 허용된 자로 규정하는 경우 보건의료인의 범위를 지나치게 확대할 소지가 있기 때문에 보건의료인의 종류를 따로 규정하는 것이 바람직하다는 제안이다.
4항의 보건의료기관의 정의 역시 약사법에 의한 약국을 보건의료기관의 범위에 포함시키는 경우 현재의 보건의료기관을 이용하는 국민들의 정서나 약사들의 무면허 의료행위가 범람하고 있는 상황에서 약사의 무면허 의료행위를 법적으로 허용하는 조항이라고 지적, 이 조항은 반드시 삭제돼야 한다는 주장이다.
의료계는 약학은 진료학이나 의학이 아니며 때문에 약사는 진료를 할 수 없음에도 불구하고 우리나라에서만 약사에게 진료·처방·조제행위를 인정함으로써 의사의 진료권을 침해, 약사들의 무면허 의료행위를 부채질하고 있다는 주장이다.
즉 이 법에서 약사의 임의조제와 대체조제를 인정해 주는 결과를 낳게 될 것이란 지적이다.
또 49조에선 `국가 및 지방자치단체는 한의학을 육성·발전시키록 노력한다'로 규정, 다른 보건의료분야 전반을 배제함으로써 특정분야의 발전만을 도모하기 위한 법이 될 것이며 제도적으로 양·한방을 분리시켜 의료의 이원화를 더욱 고착시키는 처사라고 비난을 받고 있다.
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