의협은 의견서에서 현행 학교보건법 제6조는 '정화구역안에서의 금지행위'로 폐기물처리시설을 규정하고 예외적으로 의료기관이 감염성폐기물의 처리를 위하여 의료기관 내에 설치·운영하는 폐기물처리시설은 제외하도록 하고 있으나, 부칙은 이러한 의료기관이라 하더라도 2004년 12월 31일 이후에는 정화구역안에서 감염성폐기물의 처리시설을 운영할 수 없도록 하고 있다고 지적하고 이는 학교환경위생정화구역안에 폐기물처리시설이 있을 경우 학교의 보건·위생을 침해할 소지가 있어 이를 사전에 예방하기 위한 것이라며 이에 의협도 충분히 공감한다고 밝혔다．
의협은 그러나 이 규정이 적용될 경우 자칫 '학교정화구역안에 소각시설 등 혐오시설을 제한, 안전하고 깨끗한 학교환경을 조성한다'는 학교보건법 입법 취지에 반하는 예견하지 못할 여러 가지 문제점을 발생시킬 소지도 있다고 주장했다．
의협은 이 개정안에서와 같이 현재 정화구역내에 있는 의료기관의 자가 처리시설 중 소각시설은 가동 과정에서 다이옥신 등 유해물질과 악취를 발생시킬 수 있다는 점에서 학교환경에 유해한 시설이기 때문에 당초 유효기간인 2004년 12월 31일까지만 가동하고 이후에는 외부 처리시설에서 처리하도록 하는 것이 타당하다고 밝혔다．
그러나 멸균분쇄시설은 2차 감염의 위험이 없고, 폐기물 처리 과정에서도 소각시설과 달리 2차 대기 오염물질이 발생되지 않는 환경친화적 시설이며 처리비용도 절감된다는 점을 감안, 정화구역 안에 있는 의료기관에서 사용하도록 권장할 필요가 있다고 밝혔다．
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