반면, 종합전문요양기관은 요양급여비용이 전년보다 18.2%, 기관당 진료비는 18.2% 증가했고, 종합병원은 요양급여비용이 15.3%, 기관당 진료비는 14.9%, 병원은 요양급여비용이 20.1%, 기관당 진료비는 10.4% 증가했다．
또한 약국은 요양급여비용은 전년 동기보다 13.7% 증가했고, 처방조제건수는 전년도에 비해 3.4% 증가, 조제일수는 전년 동기보다 11.6% 증가한 것으로 나타났다．
따라서 의원의 수입이 종합병원과 약국보다 저조한 것으로 나타나 대부분의 의원급 의료기관이 경영난에 허덕이고 있음이 재확인됐다．
심사평가원에 따르면 2002년의 경우 의원의 요양급여비용은 2001년에 비해 4.72% 증가했고, 기관당 진료비는 5.7% 감소했다．2003년의 경우에도 요양급여비용은 1.20% 증가한 반면, 기관당 진료비는 4.93 감소한 바 있다．
또한 2004년의 경우 의원의 기관당 진료비는 1.94% 증가했지만 2002년 상반기 기관당 진료비가 1억3,379만원이었던 것을 감안하면 오히려 감소했음을 알 수 있다．
심사평가원은 의원의 기관당 진료비가 감소한 이유는 청구기관수가 의원의 경우 2.59% 증가했기 때문이라고 밝히고 있으나, 병원(8.77% 증가)과 약국(2.75% 증가)의 기관수 증가를 고려하면 타당한 이유가 되지 않는다는게 전문가들의 일반적 견해이다．
이외에도 심사평가원 2004년 건강보험 심사통계지표를 보면 65세 이상 노인진료비는 2조5,135억원으로 전년 동기보다 19.8% 증가하고, 총요양급여비용도 22.5%로 전년 동기의 21.0%에 비해 1.5% 증가했다．
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