의약분업비상추진본부는 복지부 전직원을 비상근무토록 하며 행정자치부, 재정경제부, 기획예산처, 국정홍보처 등 관련 부처의 지원을 받아 범정부적인 추진체계로 운영해 나간다는 방침이다.
이 기구는 복지부 차관을 추진본부장으로 본부장, 상황실장을 주축으로 제도총괄팀·의약계지원팀·약국준비점검팀·의료기관준비점검팀·홍보팀·국민교육팀을 두고 운영되며 산하에 시·도비상추진본부 및 시·군·구비상추진본부를 두도록 조직을 설계했다.
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