이번 조직개편의 특징은 국립보건원이 질병관리본부로 확대 개편되고, 복지부(본부)의 공공보건·통상협력·인구·연금 등의 하드웨어 및 기능이 대폭, 확충 강화되었다는 점에서 긍정적인 평가를 받고 있다． 우선 기존 보건원 조직과 인력을 대폭 확대한 질병관리본부는 사스 등 전염병의 위험이 높아짐에 따라 전염병에 범국가적인 방역기능을 강화했다．
이에 따라 질병관리본부는 방역기능과 시험·연구기능을 전문화해 예방접종관리과와 에이즈·결핵관리과, 생물테러대응과 및 검역관리과, 만성병조사과 등을 신설하는 한편, 보건원의 세균부와 바이러스부 등의 연구소를 질병관리본부 소속기관인 국립보건원 체제로 확대해 그 동안 부단위에서 진행됐던 전염병 진단과 실험실 감시 및 예방치료제 개발 등 병원체 보존과 질병의 기초연구 기능의 전문화가 가능하게 됐다．
질병관리본부는 또 기존 13개소에 나눠져 있던 국립검역소를 본부로 이관,검역과 방역기능을 일원화 시킴으로써 신종 및 해외 유입 전염병의 대응에도 효율을 제고할 수 있게 됐다． 이렇듯 질병관리본부는 산하에 1연구원과 6개부서, 10개과, 13개 검역소를 두고 인력도 기존 142명에서 481명으로 크게 늘어나는 등 방역기능과 시험·연구기능을 전문화했다．
한편, 본부 조직은 연금보험국장 밑에 국민연금심의관을 두고 노인노양·공공보건증진·통상협력 등에 관한 업무를 담당하기 위해 2과 1담당관을 증설했다． 또 부처간 업무분장 및 조정을 통해 총무과의 인사관리기능을 기획관리실로, 건강증진국의 인구정책업무를 사회복지정책실로, 건강증진국의 공공보건의료관련 업무를 보건정책국으로 이관했다．
또한 가정복지심의관을 인구가정심의관으로 개편하여 노인요양보장 등 고령화 관련 정책, 저출산 등 인구정책, 가정·아동관련 업무 등을 관장하도록 했다．
이처럼 본부의 이번 조직개편은 효율적인 정책수행을 위한 기반을 마련했다는 점에서는 긍정적인 평가를 받고 있지만,한가지 아쉬운 점이 있다면 복지부와 의협이 적극적으로 추진해 온 보건의료정책실이 관련부처의 반대로 이번 개편에서 유보된 점이다．
그 동안 복지부는 업무의 특성을 고려치 않고 일률적인 기구·인력 축소 등으로 방대한 업무량을 소화하는데 어려움을 겪어왔는데 이번 개편으로 어느정도 숨통이 트일 것으로 전망된다． 참여정부 들어 처음으로 단행된 이번 조직개편으로 복지부가 한 걸음 발전하는 계기가 됐으면 하는 바램이다．
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