이 합의후 7일 서울시약사회는 성명을 통해 “약사회를 배제한 합의를 막지 못하고 사태가 이 지경에 이르도록 수수방관으로 일관한 대한약사회는 대오각성하고 전회원에 사죄하라”며 약사회를 비난했다.
한편 대한약사회도 7일 성명을 발표, `4·6합의'에 대한 보건복지부의 즉각적인 사과 및 책임자 문책을 요구하고 이같은 요구가 받아들여지지 않을 경우 전회원이 투쟁대열에 분기할 것을 선언한 바 있으나 대한약사회의 최대 시도지부인 서울시약사회가 대한약사회의 책임을 물어 전회원에 대한 사죄를 촉구하고 있어 내분을 피할 수 없을 것으로 보인다.
서울시약사회는 또 이 합의에 서명한 보건복지부 장관 및 차관의 즉각사퇴를 요구하고, 보건복지부에 대해 의약분업을 반드시 원칙대로 시행할 것임을 재선언하고 이에 따른 법과 제도적 장치를 조속히 마련할 것을 촉구했다.
서울시약사회는 한편 醫協에 대해 “국민건강을 볼모로 한 집단시위를 자제하고 이성적·합리적 행동으로 국민보건 향상에 기여해 줄 것”을 요구, 올바른 의약분업 시행과 의권쟁취를 위한 의료계의 투쟁노력을 매도하고 그 성과를 희석시키려는 의도를 노출했다.
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