병협은 약사법 시행규칙 제57조 1항 제 7호에 따라 수요자인 종합병원이 거래 상대방을 경제적 기준에 의해 자유로이 선택할 수 없게 되어 있다며 헌법상의 평등원칙과 사적 거래자유의 원칙에 위배된다는 입장이다.
이와 함께 국민 기본권인 재산권 보장을 침해하는 문제점이 있다고 주장했다. 병협은 공산품과 농수산물 등의 경우 정부가 유통단계를 축소하여 유통비용을 최소화하도록 적극 장려하는데 반해 유독 의약품에 대해서만 직거래를 금지하도록 함으로써 국민의 부담을 가중시키고 의약품 도매상에만 특혜를 주는 불공정거래행위라고 비판했다.
공정거래위원회 규제개혁작업단은 1997년 5월 종합병원과 제약회사간의 직거래를 금지하고 있는 약사법 시행규칙 관련 조항을 시정하되 의약품 유통업체의 영세성을 감안, 이들이 우수의약품유통관리기준(KGSP)을 갖출 수 있을 때까지 3년 정도의 유예기간을 두도록 개선안을 내놓은 바 있으나 지금껏 이렇다 할 개선방안을 내놓지 않고 있다.
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