건강보험심사평가원은 이를 위해 11월중에 인증신청을 받는데 현재 요양급여비용을 전자문서교환방식으로 심사청구해야만 녹색인증요양기관 인증을 신청할 수 있다. 요양급여비용을 EDI로 청구하는 약국 요양기관은 16,128개 기관으로 전체 약국의 87.7%를 차지하고 있다.
그러나 인증신청일로 부터 과거 1년이내에 허위·부당청구사실이 확인되어 행정처분을 받은 약국과 신청일이 속한 월 이전 3개월분 심사청구요양급여비용의 심사종액률 또는 심사조정건율이 상위 20%에 해당되는 약국은 인증에서 제외된다.
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