의협은 `심사평가원의 합리적 기능 설정을 위한 건의'를 통해 건강보험은 계약당사자간 상호평등의 원칙에 입각하여 운영되어야 하며, 심사평가원의 기능 및 역할은 독립성·공정성·전문성이 보장되도록 설계되어야 한다고 전제, 요양기관 현지조사가 본래 목적인 요양급여질서의 확립에 기여하기 위해서는 의료단체에 의한 자율계도 방식으로 현지조사가 이뤄져야 한다고 주장하면서 그러나 현실여건상 어렵다면 조사의 전문성과 중립성을 갖춘 심사평가원이 진료비심사의 연속선상에서 지원업무를 담당케 하는 것이 바람직하다고 밝혔다.
이 건의서는 또 진료비명세서와 관련, 이는 심사평가원이 보관·관리하는 것이 논리적으로 타당하며, 공단은 진료비명세서가 필요한 경우 심사평가원에서 관계사항만을 협조받아 사용토록 하되 불법적인 재심사에 사용되지 않도록 용도를 명확히 제한해야 한다고 주문했다.
또한 현재 일각에서 심사평가원과 공단의 전산망을 통합하려는 의도에서 심사평가원 지부를 현행 7개에서 공단 전산센터와 동수인 6개로 축소 움직임은 심사평가원의 내실화에 역행하는 것으로서 결코 정책에 반영되어서는 안된다고 강조했다.
이와함께 의보통합 이후 현실화되고 있는 공단의 거대화 및 관료화를 방지하고 조직운영의 효율화를 통한 보험재정의 절감을 기하기 위한 공단 운영 개선방안 마련과 함께 의료계를 부정집단으로 매도하며 국민의 의료불신을 부추켜 결과적으로 의료보험제도의 발전을 저해하는 집단에 대해서 복지부 차원의 행정계도가 가해져야 한다고 주문했다.
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