기존 의대의 의학전문대학원으로의 전환 등으로 군의료인력 확보가 어려워지기는 했지만, 이를 해소하기 위해 국방의학전문대학원을 설립하는 것은 부처 이기주의와 성급한 정책결정이 맞물려 부작용만 일으킬 것이라는 우려가 제기되고 있다．
국방의학전문대학원은 군 의료인력 양성을, 국방의료원은 장병과 일반환자에 대한 진료를, 국방의학연구원은 전문적·지속적인 군진의학 연구를 수행한다는 것을 주요내용으로, 한나라당 박 진 의원이 대표발의한 '국방의학원법안'에 대한 우려다.
특히 국방의학전문대학원을 신설, 학비지원을 통해 10년의 의무복무 기간을 설정하는 것은 장기복무 군의관을 확보하기 위한 대안이 될 수 없다는 지적이다. 얼핏 복무기간을 연장하는 효과가 있는 듯 보일 수 있지만, 의사면허를 취득한 후 바로 진료를 하는 사례가 드물고, 진료를 한다고 해도 높은 수준을 기대하기는 어렵기 때문이다.
의사면허를 받고 최소 5년의 수련을 거쳐 전문의 자격을 취득한 후 환자를 진료하는 현실을 고려할 때, 의무복무 기간이 10년이더라도 5년의 수련과정을 빼면 실질적 복무기간은 5년에 불과해 일반 사병과 큰 차이가 없다.
지원 대상자에게는 유인요소가 될 수 있지만 비용대비 효과를 감안할 때 국민의 세금과 국방비만 낭비될 뿐이다．
국방의료원의 경우도 수도권에 건립할 경우 지역 균형발전을 저해하고, 의사인력 수급조정을 위한 의대정원 감축에도 역행하며, 일반인 진료로 민간의료기관과의 과도한 경쟁이 유발되는 등 부작용이 나타날 수 밖에 없다.
이처럼 부작용만 일으킬 법안을 추진하기 보다는 군의관에 대한 처우와 군의료시설을 개선하고, 군병원-민간의료기관의 연계시스템을 통해 군의료의 선진화를 도모하며, 인력확보를 위해 은퇴의사 등을 재교육하는 시스템을 구축하거나 기존 의대에 교육을 위탁하는 방안 등을 모색해야 한다．
