한국의료법학회지 최근호에 `의료기관의 조세 부담에 대한 법리 해석'을 기고한 박 민(광운대 법과대학)교수는 비영리법인의 실질적인 운영, 즉 수익과 지출이 비영리·공익목적에 관련된 것인지 여부를 엄격한 감사나 심사를 통해 판단해야 하고, 또한 동일한 목적을 갖는 의료기관은 조세부담의 형평성을 위배하지 않도록 동일한 조세가 부과돼야 한다고 강조했다.
현재 4년제 대학이 운영하고 있는 의료기관은 교육관계기관으로 보아 그 경영에서 얻은 소득에 대해 법인세를 비과세하고 있는 반면 3년제 간호전문대학이 설치·운영하는 의료기관은 수익사업체로 판단, 그 소득에 대해 법인세를 부과하고 있는데 이런 형식적인 구분보다는 미국과 같이 의료기관의 설립·운영목적이 무엇인가와 그 실질적 운영목적에 따르고 있는가를 검사해 법인세의 과세여부를 결정함이 타당하다며, 간호전문대학도 4년제 대학이 운영하는 의료기관과 마찬가지로 학생들의 임상실습교육을 목적으로 한다는 점에 서 비과세하는 것이 타당하다고 밝혔다.
또 의료법인의 경우 의료법 41조에 의해 보건복지부 장관의 설립허가를 받아 의료사업의 수행을 목적으로 운영되는 것이며, 동법 시행령에 의해 영리를 추구할 수 없는 비영리법인이라며 설립목적에 따라 정상적으로 운영되는 경우 법인세를 비과세하는 것이 정당한 과세제도라고 지적했다. 박교수는 또 비영리법인이 운영하는 수익목적사업체는 법인세를 부과하는 것이 당연하나 수익사업체의 설립목적이나 운영목적에 상관없이 일률적으로 법인세를 부과하는 것은 문제가 있다며 수익사업체의 설립과 운영이 고유목적사업을 위해 불가피한 경우에도 영리법인과 동일한 세율을 적용하는 것은 잘못이라며 법인세를 비과세하거나 면제하는 것이 현행법상 어렵다면 적용세율을 영리법인보다 낮추는 것이 타당하다고 밝혔다.
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