교수협의회는 환자 치료에 필요한 약품의 선택권은 전적으로 의사에게 있으므로 상용처방의약품의 선정은 협의, 조정의 대상이 될 수 없다는 입장을 분명히 했다.
6개월의 유예기간을 설정한 것은 약사의 불법진료를 더욱 조장하는 것이라고 비판한 교수협의회는 1개월간의 계도기간에도 불구하고 6개월의 유예기간을 다시 두는 것은 준비되지 않은 제도임을 복지부 스스로 시인하는 것이라고 꼬집었다.
교수협의회는 또 약물 오남용을 방지하고 국민들의 약화사고 위험을 줄이기 위해서는 처방전 보관과 함께 조제 및 판매 기록부를 반드시 작성해야 하며, 이미 안전성이 확보된 약제에 대해서는 슈퍼나 편의점의 판매를 허용해야 한다는 입장을 제시했다.
대체조제와 관련해서는 식품의약품안정청의 약효동등성은 생물학적 동등성시험이 아닌 비교용출시험에 의한 것이므로 이에 근거한 대체조제는 국민건강을 위협할 수 있다고 우려했다.
교수협의회는 상용처방의약품목록 이외의 의약품은 생물학적동등성시험을 통과한 약제에 한하여 대체조제가 허용되어야 하며, 이 경우에도 필요시 의사의 '대체조제 불가'의 표시가 가능해야 한다는 견해를 제시했다.
교수협의회는 특히 지역내 의사는 상용처방의약품목록 이외의 의약품을 처방할 필요가 있는 경우 그 의약품 명칭을 사전에 지역의약협력위원회에 통보하고 처방할 수 있으며, 그 의약품은 지역의약협력위원회에서 협의, 조정 될 때까지 약사가 대체조제할 수 있다는 복지부안에 대해 의사의 처방권을 제한하고, 상용처방의약품 목록 외의 약품에 대한 포괄적이고 제한없는 대체조제를 허용하는 독소조항이라고 반박했다.
이와함께 상용처방의약품을 600 품목으로 제한하는 것은 의사의 정당한 진료권과 환자의 건강권을 침해하는 것이라고 밝혔다.
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