의협은 이번 사태의 빌미가 된 잘못된 의약분업을 개선하기 위해 현재 국회에서 약사법 개정 작업을 추진하고 있고, 정부와 의료계와의 협상이 진행되고 있는 시점에서 의사협회 지도부를 구속시킨 것은 공권력을 동원하여 의료계를 무력화하기 위한 시도로 의료계에 대한 탄압행위를 즉각 중단할 것을 촉구했다.
아울러 김재정 의협회장을 즉각 석방과 함께 잘못된 의약분업안을 만들어 강행하려고 한 차흥봉(車興奉) 보건복지부장관의 퇴진 및 약사의 임의조제와 대체조제를 근절할 수 있는 약사법 개정 등을 요구하고 이를 받아들이지 않을 경우 재투쟁에 나설 것을 선언했다.
병협도 검찰청장 등 관계요로에 탄원서를 내고 협상중인 당사자를 구속하는 것은 협상을 불가능하게 할 우려가 있다고 지적하고, 의료대란이 재발되지 않도록 의협 지도부에 대한 사법처리 방침을 철회할 것을 강력히 요청했다.
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