대한의사협회는 보건사회연구원 연구용역 결과 발표와 관련, 의·약계간 불신을 초래하고 있다고 지적하고 보건복지부에 대해 이 연구용역 결과발표의 진상을 조사하는 한편 조사결과 과실이 있을 경우 관련담당자에 대한 엄중문책을 요구하는 등 의약품분류업무의 중립성 보장을 강력하게 요청했다.

의협은 이 연구용역 결과가 ▲연구팀에서 분류하지 않은 다수의 의약품이 일반의약품으로 분류돼 있고 ▲전문의약품으로 분류된 의약품을 일반의약품으로 분류하고 있으며 ▲전혀 논의도 되지 않은 의약품이 일반의약품으로 발표된 것은 오류를 넘어 그 본의가 심히 우려스럽다고 밝혔다.

한편 의협은 향후 의약품분류업무의 중립성을 보장하고 오해의 소지를 없애기 위해 관련담당자를 약사가 아닌 행정전문가로 교체해 줄 것을 함께 요청했다.